アクチニジンは、以下に示すように 220個のアミノ酸残基から構成されるタンパク質である。
その分子量は 23,809 であり、また等電点は 3.0～3.5（実験値）あるいは 4.3（理論値）である。

 
アクチニジンの一次構造（SWISS-PROTのデータベースによる）
                             　   30                                    60
LPSYVDWRSA GAVVDIKSQG ECGGCWAFSA IATVEGINKI VTGVLISLSE QELIDCGRTQ

                                   90                                   120
NTRGCNGGYI TDGFQFIINN GGINTEENYP YTAQDGECNL DLQNEKYVTI DTYENVPYNN

                                   150                                   180
EWALQTAVTY QPVSVALDAA GDAFKHYSSG IFTGPCGTAI DHAVTIVGYG TEGGIDYWIV

                                   210
KNSWDTTWGE EGYMRILRNV GGAGTCGIAT MPSYPVKYNN
 

赤字・下線で示した22番目のシステイン残基と、162番目のヒスチジン残基は、アクチニジンの活性中心（活性部位）を形成している。

 
上記の構造をアミノ酸の３文字表記法で表すと・・・
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 20
Leu-Pro-Ser-Tyr-Val-Asp-Trp-Arg-Ser-Ala-Gly-Ala-Val-Val-Asp-Ile-Lys-Ser-Gln-Gly-

                                                                            40
Glu-Cys-Gly-Gly-Cys-Trp-Ala-Phe-Ser-Ala-Ile-Ala-Thr-Val-Glu-Gly-Ile-Asn-Lys-Ile-

                                                                            60
Val-Thr-Gly-Val-Leu-Ile-Ser-Leu-Ser-Glu-Gln-Glu-Leu-Ile-Asp-Cys-Gly-Arg-Thr-Gln-

                                                                            80
Asn-Thr-Arg-Gly-Cys-Asn-Gly-Gly-Tyr-Ile-Thr-Asp-Gly-Phe-Gln-Phe-Ile-Ile-Asn-Asn-

                                                                           100
Gly-Gly-Ile-Asn-Thr-Glu-Glu-Asn-Tyr-Pro-Tyr-Thr-Ala-Gln-Asp-Gly-Glu-Cys-Asn-Leu-

                                                                           120
Asp-Leu-Gln-Asn-Glu-Lys-Tyr-Val-Thr-Ile-Asp-Thr-Tyr-Glu-Asn-Val-Pro-Tyr-Asn-Asn-

                                                                           140
Glu-Trp-Ala-Leu-Gln-Thr-Ala-Val-Thr-Tyr-Gln-Pro-Val-Ser-Val-Ala-Leu-Asp-Ala-Ala-

                                                                           160
Gly-Asp-Ala-Phe-Lys-His-Tyr-Ser-Ser-Gly-Ile-Phe-Thr-Gly-Pro-Cys-Gly-Thr-Ala-Ile-

                                                                           180
Asp-His-Ala-Val-Thr-Ile-Val-Gly-Tyr-Gly-Thr-Glu-Gly-Gly-Ile-Asp-Tyr-Trp-Ile-Val-

                                                                           200
Lys-Asn-Ser-Trp-Asp-Thr-Thr-Trp-Gly-Glu-Glu-Gly-Tyr-Met-Arg-Ile-Leu-Arg-Asn-Val-

                                                                           220
Gly-Gly-Ala-Gly-Thr-Cys-Gly-Ile-Ala-Thr-Met-Pro-Ser-Tyr-Pro-Val-Lys-Tyr-Asn-Asn

 
（注）　アクチニジンには、少なくとも６種類のアイソザイムが存在しているため、アミノ酸配列が上記とは若干異なるアクチニジンも存在することになる。

 
　なお、アクチニジンのアミノ酸配列は、パパインやブロメライン、コメに含まれるオリザインなどのほか、細胞小器官であるリソソームに含まれるプロテアーゼ（カテプシン類）とも高い類似性を示す。

これらのタンパク質とアクチニジンとでは、どの程度のアミノ酸残基が同じか（ホモロジー、相同性）を、パーセントで示すと、

　　　パパイン（Papain）とは４７％、　　ブロメライン（Bromelain）とは４６％、

      ショウガプロテアーゼ（Ginger protease, GP-Ⅰ・GP-Ⅱ）とは５７～５９％

　　　コメに含まれるオリザイン（Oryzain）とは５０～６０％、　

      ヒトのカテプシン Ｓ、Ｌ、Ｈ （Cathepsin S, L, H）などとは３９～４６％

となる。

　タンパク質の相同性検索（ホモロジーサーチ）をするなら、こちら（NCBI BLAST）またはこちら（PBIL）からどうぞ。